セーブ方法については、別記事（よくありそうな質問集）でも簡単に紹介していますが、今回はより具体的な話も交えて詳しく解説いたします。少しでもお役に立てれば幸いです。
追記：2018年3月23日発売予定のフルプライス版『名探偵ピカチュウ』のセーブデータ数などを追記しました。
「名探偵ピカチュウ 」はオートセーブ
「名探偵ピカチュウ」は、話が進むと自動的にセーブされます（オートセーブ方式）。
ポケモン本編とは異なり、「レポート」などの特別な操作は必要ありません。
ちなみに説明書には以下のように書いてあります。
オートセーブ
このゲームはオートセーブ機能が使われています。イベント終了後やフィールドを移動した際に、自動でセーブされます。
※セーブ中は上画面の右上に「セーブ中」と表示されます。
データを消去する
最初からまたはじめる場合は、データを一度消去する必要があります。記録してあるデータを完全に消去するときは、タイトル画面で上、B、Xを同時に押してください。
※一度消したデータは元に戻せません。消去するときは内容を十分ご確認してから行ってください。
「名探偵ピカチュウ」のセーブ事情
セーブ中の画面
「オートセーブ」はセーブする手間が省ける一方、「いつセーブされたのか分かりにくい」「進める気は無かったのに勝手にセーブされた」といったトラブルが起こりやすくもあります。
こういったトラブルを避けるために、普通は手動セーブもできるようになってるんですが……「名探偵ピカチュウ」はオートセーブだけです。
さらに、セーブデータを1個しか保存できない上に、以前のエピソードに戻ったりもできません。シナリオ部分はともかく、セーブ関係は不便なところがあります。
追記：2018年3月23日発売予定のフルプライス版『名探偵ピカチュウ』ではかなり改善されており、セーブデータは3個保存できるほかにも、タイトル画面で章を選択して始めることができるようになっているようです。
（参考URL：ニンテンドーの公式紹介ページ）
好きなタイミングでセーブする方法
好きなタイミングでセーブしたい場合は、別のフィールド（マップ）へ移動しましょう。「タンティ公園」や「TCL（研究所）」など何個かに区切られているフィールド（マップ）ではこれでセーブできます。
「ヒトモシ洞窟」などはひとつの広いフィールド（マップ）が舞台なので、この方法が使えません。とはいえ、イベント終了時にもオートセーブされますから、気にせず終了しても問題はあまり無いと思います。
